Im Februar beginnen die Arbeiten an MCIS in einem "Proberaum" in Chicago. Die Band läßt verlauten, das der Oktober als Erscheinungstermin geplant sei. Das Material der Proben soll eine Rohfassung des Albums darstellen. Für Mellon Collie wird ein neuer Produzent, Flood, angeheuert, der bereits U2 und die Trent Reznor´s Nine Inch Nails produziert hatte. Zweiter Produzent ist Alan Moulder, außerdem koproduziert Billy, wie bei den vorangegangenen Alben auch. Im Februar spielen die Smashing Pumpkins vier Shows im Chicagoer Double Door Club, bei denen die neuen Songs präsentiert werden. Von März bis August arbeitet die Band am neuen Album. Ort der Aufnahmen sind die Pumpkinland Studios und die Chicago Recording Company. Das Studio wird in zwei Räume aufgeteilt. In einem arbeiten Billy und Flood, in dem anderen James und D'Arcy mit Alan Moulder. Zum Ende der Aufnahmen für Mellon Collie hat die Band über 50 Songs aufgenommen, von denen dann 28 für das Album aisgewählt werden. Das Album wird in Los Angeles abgemischt. Im Sommer geht die Band auf eine Promotion-Tour nach Europa und spielt dort am 23. August in Dublin, sowie am 25. August auf dem Reading Fetsival, England und am 26. August auf dem Pukkelpop Festival, Belgien. Das Doppelalbum "Mellon Collie And The Infinite Sadness" wird am 23.Oktober 1995 bei Virgin Records veröffentlicht. Es steigt bei den Top 200 Billboard Charts auf der Position 1 ein. Die Record-Release-Party wird mit einem Konzert im Riviera Theater, Chicago, gefeiert.
Das Jahr 1996 wird das erfolgreichste Jahr der Pumpkins, aber gleichzeitig auch das tragischste. Die Band ist kommerziell und musikalisch erfolgreicher als je zuvor. Mellon Collie And The Infinite Sadness wird ein großer Erfolg, verkauft sich besser als erwartet und wird von der Kritik begeistert aufgenommen. Die Band wird für 7 Awards bei den MTV Video Music Awards nominiert und gewinnt dort Preis "Best Hard Rock Performance award" für die Single "Bullet with Butterfly Wings". Der Erfolg wird jedoch durch eine Reihe von Schicksalschlägen überschattet. Zum einen kommt es während eines Konzerts in Dublin zu einem Todesfall. Zum anderen wird die Tour von den Drogeneskapaden Jimmy Chamberlins und des Tourkeyboarders Jonathan Melvoins überschattet, die schließlich zum Tode Melvoins 11. Juli in New York und zum Ausschluß Chamberlins aus der Band führen. Die Smashing Pumpkins entscheiden sich die Tour fortzuführen und engagieren als neuen Schlagzeuger Matt Walker von der Band "Filter", sowie Dennis Flemion von den "Frogs" als Keyboarder. Im August setzen die Smashing Pumpkins die Tour fort. Eine Entscheidung, die Billy im nachhinein als absolut falsch bzeichnet. Neben der Arbeit mit den Smashing Pumpkins schreibt Billy nun verschiedene Stücke dia als Filmmusik dienen. Der Song "Eye" erscheint auf dem Soundtrack zu David Lynch´s Film "Lost Highway" (mit Patricia Arquette und Bill Pulman). Im November nimmt er er zusammen mit Matt Walker 5 Instrumentalstücke für den Soundtrack zu "Ransom" auf. Ende des Jahres erscheint "The Aeroplane Flies High," eine Box mit allen 5 "Mellon Collie" Singles und den dazugehörigen b-Seiten aus den Aufnahmen zu Mellon Collie. Die Box enthält außerdem ein Booklet mit Photos der Band und den Songtexten.
Am 9.Januar tritt Billy als Gast bei der Feier zu David Bowies 50.Geburtstag im Madison Square Garden auf. Mit Bowie und seiner Band spielt er zwei Songs (All The Young Dudes/Jean Genie). Am 27.Januar gewinnt die Band den "Favorite Alternative Artist" - Award bei den American Music Awards. Am 5. Februar endet die Tour zu Mellon Collie and The Infinite Sadness. Im Juni beginnt eine kurze Festival Tour. Die Band spielt auf einigen europäischen Festivals. Die Tour endet am 9. Juli in Prag. Im April erscheint ein weiterer Beitrag der Pumpkins zu einem Filmsoundtrack. "The End is the Beginning is the End" ist auf dem Soundtrack zum neuen Batman Film "Batman und Robin" vertreten. Die Band hat weit mehr Songs für den Soundtrack geschrieben, diese finden aber keine Verwendung. Im September steuert Billy einen Pumpkins - Song für das "Very Special Christmas" - Album bei. Der Song hat den Titel "Christmastime". Im August gehen die Pumpkins wieder ins Studio. Mit dem Produzenten Brad Wood werden einige Songs in Chicago bzw Los Angeles aufgenommen, welche später auf dem Album "Adore" erscheinen. Die Aufnahmen die mit Brad Wood in Chicago entstehen, werden aber nicht für das Album benutzt. Im November verläßt Matt Walker die Band um mit seiner eigenen Band zu arbeiten. Im Dezember schließlich beginnen die Pumpkins in Los Angeles mit den Aufnahmen zu "Adore".