Am 19. November 2001 erscheint mit Rotten Apples eine 18 Songs umfassende Greatest-Hits-Sammlung, neben den zahlreichen Hits der Band auch die beiden Songs Real Love (von MACHINA II) und Untitled enthält. Die limitierte Erstauflage enthält zusätzlich eine B-Seiten-Sammlung namens Judas 0, die neben 6 B-Seiten nochmals 10 vorher unveröffentlichte Songs enthält.
2002 wird das ursprünglich 1993 auf VHS erschienene Pumpkins-Video Vieuphoria als DVD wiederveröffentlicht. Zusätzlich auf der DVD enthalten sind die sogenannten "The Lost '94 Tapes", ein Livemitschnitt von Songs aus der Gish- und Siamese-Dream-Era, sowie einer frühen Version von Porcelina. Zur gleichen Zeit erscheint die CD Earphoria, die Audioversion von Vieuphoria.